Zestawienie dziesięciu najważniejszych z nich przygotowała dla "Rzeczpospolitej" kancelaria Chojnacka & Łagowski.
Oto one:
1. Raportując transakcje w KSeF, będziemy mieli dwie daty wystawienia faktury. Pierwsza jest w systemie finansowym firmy. Druga to data przekazania do KSeF. Dla celów podatkowych istotna będzie tylko ta druga. W praktyce pojawią się rozbieżności między tymi datami (np. w razie odrzucenia dokumentu przez KSeF albo przy opóźnieniach w przyjmowaniu paczek faktur). Spowoduje to problemy z wykazaniem obowiązku podatkowego w VAT i ustaleniem momentu powstania przychodu w PIT/CIT. A także z obliczaniem kursu walutowego. Zwłaszcza gdy faktury są wystawiane pod koniec miesiąca/roku.
2. Jeśli faktura jest niezgodna ze strukturą logiczną systemu, KSeF ją odrzuci po stwierdzeniu pierwszego błędu, nie badając całego dokumentu. Oznacza to konieczność wielokrotnego jej wysyłania, co może być szczególnie uciążliwe przy sporządzaniu paczek.
3. Przedsiębiorcy często wraz z fakturą przekazują różne załączniki, np. protokoły odbiorcze. Nie będą one przesyłane do KSeF. Muszą więc być dostarczone osobno, np. mailem. Kłopot będzie z połączeniem ich w systemie z fakturą; zmusza to do zmiany stosowanych w firmie procedur.