Problem dotyczył stawki VAT na środki związane z uprawą i ochroną roślin. We wszystkich sprawach sporne okazały się wiążące informacje stawkowe tzw. WIS. A chodziło o to, czy opisane we wnioskach o nie preparaty mogą być opodatkowane 8 proc. stawką z zał. nr 3 poz. 10 do ustawy o VAT.
Fiskus odpowiedział, że nie. Wszystkie zostały bowiem przez niego sklasyfikowane z podstawową 23 proc. stawką VAT. Tłumaczył, że w przypadku wskazywanej przez podatników pozycji – z uwagi na brak odniesienia do kodu CN i brak siatki pojęciowej – nawozy oraz środki ochrony roślin trzeba interpretować zgodnie z przepisami o nawozach czy o środkach ochrony roślin.
W wyroku NSA co prawda za dopuszczalne uznał odwołanie się w sprawach podatkowych do tzw. wykładni systemowej zewnętrznej, czyli do innych przepisów, ale tylko, gdy nie prowadzi to do wykładni na niekorzyść podatników. W spornym przypadku za niedopuszczalne uznał odwołanie się do definicji nawozów z dotyczących ich regulacji.
Sąd zgodził się, że to ustawodawca krajowy mógł zdecydować jakie grupy towarów w rolnictwie objąć stawką obniżoną, a preferencje należy wykładać ściśle. Ale nie może to prowadzić do jej zawężenia w oparciu o to co nie wynika z prawa podatkowego, ze skutkiem negatywnym dla podatników. Jak tłumaczył sędzia NSA Janusz Zubrzycki, nieprecyzyjność prawodawcy podatkowego nie może być w takim przypadku interpretowana na niekorzyść podatników.
W konsekwencji NSA uznał, że sporną preferencją objęte są nie tylko nawozy i środki ochrony, ale także inne środki agrochemiczne i agrobiologiczne, zwykle przeznaczone do wykorzystania w produkcji rolnej, których celem używania w rolnictwie jest ochrona roślin lub wspomaganie ich rozwoju jak np. preparaty mikrobiologiczne, stymulatory z wzrostu czy poprawiające właściwości gleby.
